José Panettieri cursó sus estudios primarios en la Escuela Anexa de la Universidad Nacional de La Plata y los secundarios en el Colegio Nacional de La Plata, época en la que se incorporó a la juventud del Partido Socialista. Se graduó como profesor de Historia en 1958, en la Universidad de La Plata.
Fue docente de Historia en las facultades de Ciencias Económicas y de Humanidades de la Universidad de La Plata y en la Escuela de Periodismo de la misma universidad. Se consideraba discípulo de José Luis Romero y de Enrique Barba. Dirigió el Centro de Investigaciones Socio Históricas y el área de doctorados de la UNLP. Dictó la cátedra de Historia Económica en la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad de Buenos Aires.
Se doctoró en Historia en el año 1965 con una tesis titulada “Los trabajadores en tiempo de la inmigración masiva en Argentina (1870-1910)” que sería publicada en forma de libro, muy ampliada, en 1967. En 1970 publicó “Inmigración en Argentina” el trabajo más completo sobre el tema hasta la fecha, y en 1971, en colaboración con Horacio Juan Cuccorese, “Argentina: manual de historia económica y social. La Argentina criolla”.
Formó parte de un equipo de investigadores dirigidos por Liliana Galetti, que publicaron varios trabajos sobre historia social argentina. Todos los integrantes del equipo, incluido Panettieri, fueron cesanteados y secuestrados durante la última dictadura militar. Cuando recuperó la libertad, Panettieri se exilió en Bolivia; Galetti continúa desaparecida. Pasó varios años dictando asignaturas relacionadas con la historia económica y social en la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno en Santa Cruz de la Sierra.
De regreso en la Argentina, entre 1984 y 1986 fue Decano Normalizador de la Facultad de Humanidades de la Universidad de La Plata, y luego fue elegido por dos períodos más, ocupando el cargo hasta 1992. Reemplazó la vieja y meritoria Revista de Humanidades con la más moderna Estudios e Investigaciones, creó el Centro de Investigaciones Socio Históricas y su revista, Sociohistórica. Cuadernos del CISH. Fue uno de los impulsores de la carrera de Sociología, desarrolló tareas como investigador superior del Conicet y se retiró como Profesor Emérito en agosto de 2002.
Falleció en La Plata el 9 de septiembre de 2012.