La Asamblea Universitaria es el órgano supremo de la Universidad. Se reúne convocada por el Presidente, por la mayoría absoluta de los miembros del Consejo Superior o a requerimiento de un cuarto, por lo menos, de los miembros de la Asamblea Universitaria. Está integrada por los profesores, JTP, Ayudantes Diplomados, Graduados y Estudiantes que integran los consejos directivos; 10 representantes nodocentes y un representante docente de cada establecimiento del sistema de pregrado universitario. Cada gremio (ATULP, ADULP y FULP de los estudiantes), tiene un representante con voz y sin voto.
Sus funciones esenciales son: modificar el Estatuto Universitario, elegir al Presidente de la Universidad y considerar, con carácter extraordinario, los asuntos que le sean sometidos y que interesen al funcionamiento de la Universidad o al cumplimiento de sus fines. Además puede ejercer todo acto de jurisdicción superior no previsto en estos Estatutos.
La primera Asamblea Universitaria fue en 1897 cuando empieza a funcionar la Universidad Provincial y estuvo integrada por Dardo Rocha, Dalmiro Alsina, José M. Calderón, Jacob Larrain, Ricardo Marcó del Pont, Adolfo Lascano, Silvestre Oliva, Celestino Arce, Jorge Gorostiaga, Angel Arce Peñalva, Ramón S. Díaz, Gervasio Bass, Jorge Coquet, Pedro Benoit, Julián Romero, Luis Monteverde, Pedro J. Pando, Vicente Gallastegui y Carlos Berri.