La Asamblea Universitaria es el órgano supremo de la Universidad. Se reúne convocada por el Presidente, por la mayoría absoluta de los miembros del Consejo Superior o a requerimiento de un cuarto, por lo menos, de los miembros de la Asamblea Universitaria. Está integrada por los profesores, JTP, Ayudantes Diplomados, Graduados y Estudiantes que integran los consejos directivos; 10 representantes no docentes y un representante docente de cada establecimiento del sistema de pregrado universitario. Cada gremio (ATULP, ADULP y FULP de los estudiantes), tiene un representante con voz y sin voto. Sus funciones esenciales son: modificar el Estatuto Universitario, elegir al Presidente de la Universidad y considerar, con carácter extraordinario, los asuntos que le sean sometidos y que interesen al funcionamiento de la Universidad o al cumplimiento de sus fines. Además puede ejercer todo acto de jurisdicción superior no previsto en estos Estatutos.
